Parmi les missions statutaires qui leur ont été confiées par les traités européens, les banques centrales sont chargées de promouvoir l'efficacité et la sécurité des systèmes de paiement. A ce titre, elles ont manifesté dès son lancement le plus grand intérêt pour le projet SEPA. Elles ont communiqué leur soutien et leur vision des grandes orientations du projet à plusieurs reprises, notamment au moyen de rapports d'étape.
Ainsi, en juillet 2007, l'Eurosystème a rappelé ses attentes en termes de calendrier et de niveau de service des nouveaux instruments dans son
5ème Rapport d'étape. Les banques centrales s'y prononcent clairement en faveur du projet, avec l'objectif de rendre les paiements au sein de toute la zone euro aussi faciles et sûrs pour les utilisateurs que les paiements nationaux. Les utilisateurs devront avoir la possibilité d'effectuer leurs transactions à partir d'un même compte ou en utilisant une seule carte. Du point de vue du calendrier, le rapport identifie deux étapes : en 2008, les premiers nouveaux instruments devraient être mis à la disposition des utilisateurs parallèlement aux instruments nationaux ; la migration devrait ensuite être rendue irréversible par l'abandon progressif des instruments nationaux. Enfin, l'Eurosystème insiste sur les rôles des infrastructures et des standards d'échange pour assurer un traitement automatisé et efficient des instruments de paiement SEPA dans l'ensemble de la zone euro. Ces positions ont largement orienté les travaux bancaires menés au cours des dernières années.
En novembre 2006, le Conseil des Gouverneurs a approuvé et décidé de publier un rapport plus spécialisé, «
Le point de vue de l'Eurosystème sur un « SEPA pour les cartes ». Dans ce document, l'Eurosystème se prononce pour un maintien de l'efficacité et du faible coût pour les utilisateurs des systèmes de cartes nationaux actuels. Il précise également sa position vis à vis des différentes options de mise en œuvre identifiées par l'EPC, et notamment concernant le rôle des systèmes internationaux ainsi que l'hypothèse de la création d'un système européen de cartes en complément des systèmes internationaux actuels, par alliance ou extension à l'échelle européenne de systèmes nationaux. Ce rapport, sur lequel les parties concernées étaient appelées à réagir, a ainsi servi de base à des échanges avec les principaux acteurs du marché européen.
Les banques centrales sont également engagées dans un dialogue permanent avec la communauté bancaire. L'Eurosystème dispose d'observateurs au sein de l'EPC. Le dialogue à haut niveau avec l'industrie est formalisé au sein du COGEPS (Contact group on euro payments strategy - Groupe de contact sur la stratégie des paiements eu euro). Enfin, dans le cadre de son rôle de facilitateur, l'Eurosystème organise depuis mars 2005 plusieurs réunions, tant avec des représentants des utilisateurs qu'avec de hauts responsables européens de la profession et des gestionnaires d'infrastructures, qui ont permis de clarifier la vision des différentes parties prenantes et de redéfinir les orientations de certains aspects du projet.
Au niveau national, la plupart des banques centrales participent aux travaux nationaux de migration. La Banque de France s'est ainsi associée à la Fédération bancaire française pour créer le
Comité national SEPA, en charge du pilotage du projet, qui regroupe des représentants des différentes catégories d'acteurs concernés.